علم با «مسأله» آغاز می شود، اگرچه بعضی زمان ها با «مشاهده» نیز شروع می گردد. تعیین و تبیین مسأله یکی از مهمترین و اساسی ترین مراحل تحقیق و پژوهش به شمار می آید. محقق باید بداند که در تحقیق مورد نظر به دنبال چیست، و انتظار طرح چه مباحث و موضوعاتی را دارد، و چه مباحث و مطالبی طرح نخواهد شد. بنابراین ارائه تعریف و توضیحی دقیق از «مسأله» پژوهش ضروری است.

«مسأله»، ابهامی علمی است که در درون موضوع پژوهش نهفته است، و ما بر اساس مطالعات پیشین خود، بدان دست یافته ایم. بر این اساس، مسألۀ علمی خود نوعی آگاهی دربارۀ موضوع است. پس منشأ آن معرفت پیشینی ماست. اما در صورت بروز تعارض میان «معرفت پیشینی» ما و «واقعیت تاریخی»، و برآورده نشدن انتظاراتمان، در پی شناخت کاملتری نسبت به آن واقعیت ها برمی آییم.

مسأله، توضیح و تشریح علمی یک موضوع در درون حوزۀ مطالعاتی است که البته مبتنی بر رویکردی انتقادی دربارۀ آن موضوع و ناکافی دانستن پاسخ هایی است که در آن حوزه وجود دارد.

تفاوت بنیادی میان «مسأله» و «سؤال» در این است که مسأله از تقابل و تعارض بین «ذهنیت علمی» و «واقعیت خارجی» زاییده می شود، در حالی که سؤال فقط زاییدۀ جهل ما نسبت به عالم بیرون است.

ویژگی های لازم برای یک مسأله مناسب عبارتند از:

یک ــ) به معنی واقعی «مسأله» باشد؛ یعنی دلالت بر امری بدیهی نداشته باشد، بل پاسخ به آن مسأله، سقف علم و دانش را در آن حوزۀ مطالعاتی بالاتر ببرد.

دو ــ) «ادراکی» باشد و نه «القایی». یعنی محقق آن را به طور کامل فهم و درک کرده باشد، و در نتیجۀ مطالعات خود، بدان رسیده باشد. مسأله نباید القایی و یا عاریتی باشد. به عبارت دیگر، مسأله ای که از مطالعات پیشینی شخص پژوهشگر برنخیزد، در اصل مسأله نیست، و نتیجۀ آن هم پژوهشی بدیع و سودمند نخواهد بود.

سه ــ) «منفرد» باشد. به این معنا که تنها ناظر به یک ابهام علمی باشد و نه بیشتر. طرح مسأله های مختلف می تواند در فرآیند پژوهش اختلال ایجاد کند؛ به این صورت که نیازمند فرضیه ها و متغیرهای متعدد خواهد بود، که به آزمون گذاشتن همۀ آنها، به ویژه در تحقیقات تاریخی، کار آسانی نیست. بنابراین توصیه می شود بیش از یک ابهام علمی در بیان مسأله طرح نشود.

چهار ــ) «جزئی» باشد. طرح مسائل کلان در پژوهش های علمی به سبب موانع و مشکلاتی که در فرآیند پژوهش های ژرفانگر ایجاد می کنند، چندان مورد استقبال واقع نمی شوند. مسائل خرد به علت ایجاد امکان مناسب برای محقق در انجام پژوهشِ عمیق، و به آزمون گذاشتن آن، مبتنی بر جمع آوری تمامی داده های موجود، به طور معمول نتایج مطلوب و تأثیرگذاری را به دنبال دارند، و از همین رو از اقبال بیشتری برخوردار می شوند.